云之彼端、约定的地方（雲のむこう、約束の場所）

故事设定在一个架空世界，日本在津轻海峡另一侧的领土北海道遭到“联盟”占领，改名“虾夷”，日本南北两侧形成对立局势。联盟在虾夷建造了高度直达云端、叫做“巨塔”的神秘建筑物，该神秘巨塔因此造成日美联军与联盟的军事冲突点。 在青森县，中学三年级生浩纪与拓也梦想前往巨塔所在的海峡对岸，为此两人在大草原上的车辆工厂“虾夷制作所”里秘密制造名为“维席拉”（Velaciela，音近维拉切拉，意为白色之翼）的飞机，计划在暑假搭乘维席拉到巨塔。这件事只有工厂社长冈部知情，但拓也却不小心对心仪的同班女生佐由理说溜嘴。佐由理对此很感兴趣，并与两人约好要一起搭乘维席拉到海峡对岸去。然而，佐由理在做了一个有关塔的梦后突然转学并下落不明，浩纪与拓也受到打击而停止了维席拉的计划。为了忘记曾经存在的梦想，浩纪进入东京的高中就读，而拓也则是就读青森当地的高中。 三年后的1999年秋，日美联军和联盟之间关系紧张，日本国内的激进反联盟组织“维鲁达解放战线”也蠢蠢欲动。进入研究所的拓也师从富泽常夫教授研究巨塔的秘密。富泽认为，巨塔是用来连结平行世界——亦即宇宙的梦境——的装置，可以窥视分歧出来的平行世界。但巨塔的存在导致周围区域被平行世界给“置换”，或称之为“吞噬”，因此也可以视为兵器。而扩散之所以能停在2公里处，可能是因为有外在因素压制了巨塔的活动。富泽发现巨塔的研发者有个孙女，也就是佐由理，因为怪病而持续三年没有醒来，怀疑她就是那个外在因素。 与此同时，浩纪不断梦见中学时的教室，佐由理在梦中也是身处教室，但外头是荒凉怪异的世界，让她感到无尽孤独。1999年冬，想要和巨塔做个了断的拓也加入摧毁巨塔的计划。属于维鲁达解放战线的冈部称高层执意开战，所以他将在冲突开始时趁着混乱开飞机炸毁巨塔。与此同时，浩纪收到佐由理三年前写下的信，终于得知佐由理昏迷的消息，却发现她已被移至别处。在佐由理曾存在的病房当中，浩纪和佐由理在梦中短暂相遇，下定决心要履行约定、带着佐由理前往巨塔，相信如此一来就能拯救她。 原来在浩纪赶到之前，富泽就已将佐由理转移至青森县的研究所并加以监控。就在浩纪在东京的病房中与梦境连结时，佐由理的清醒程度突然上升，巨塔周围的侵蚀规模也巨幅增加。因为塔捕捉到的平行世界流入了佐由理的梦中，所以整个世界没有被平行世界吞噬，但只要佐由理醒来世界就会面临毁灭。几天后富泽让拓也来找佐由理，表示要将她移送到美国本土，以免受到战火波及。 浩纪回到青森后与拓也重逢，浩纪表示要将佐由理带到巨塔那边让她醒来，但拓也知道佐由理醒来会导致世界毁灭而拒绝协助。在经过一番冲突后，拓也终究是决定协助浩纪。拓也将佐由理从研究所中带出来，并和浩纪再度携手将维席拉赶工完成。冈部将炸毁巨塔的任务交给两人，如此一来他们就可以带着佐由理飞往巨塔，让她醒来，再用炸弹将巨塔摧毁，阻止世界毁灭。不久后，维鲁达点燃战火，战事在津轻海峡开打。浩纪将佐由理搬上维席拉的后座，载着她往巨塔飞去。 维席拉穿越战火逐渐靠近塔，佐由理在梦境中察觉自己即将醒来，但也发现自己一旦醒来，就会忘记在梦中察觉到的对浩纪抱持的感情。浩纪也有失去某种东西的预感，但为了履行约定，他还是继续往塔飞去。佐由理努力祈祷著宁愿醒不来也要将感情传达出去，而浩纪则祈祷著佐由理赶快醒来。最后佐由理终究醒来，并怅然若失地落泪。浩纪安慰她一切都可以重新开始。如同富泽的预料，佐由理醒来后巨塔开始吞噬周遭的一切，浩纪投下炸弹成功摧毁巨塔，使吞噬停止。虽然成功拯救了世界，但三人“约定的地方”也不复存在。剧情接到电影的最一开始，成人后的浩纪独自到了三人一起度过那年夏天的草原，现在的他了解了当时所不了解的，佐由理所说的那会失去某物的预感。